Zu 1)
Das macht man nicht im Setup-Raum, sondern im Posenraum. Geh im Menü auf Window - Joint Parameter -> da öffnet sich dann eine neue Palette für die Gelenkeinstellungen.
Wähle den Bone aus, den du bearbeiten willst, dann kannst du in der Palette in dem kleinen Dropdownmenü auswählen, was du bearbeiten willst (Center, X-, Y- oder Z-Rotation). Wähle die Zone aus und skaliere /verschiebe sie nach Wunsch.
Wenn du fertig bist, speicherst du die Figur in die Figuren-Bibliothek.
Weight Maps funktionieren wiederum völlig anders, da verwendet man keine Zonen, sondern malt auf, welche Bereiche wie stark bewegt werden sollen.
Tutorial fällt mir im Moment keines ein. Wenn deine Figuren aber das System mit den Zonen verwenden, brauchst du gar keine Weight Maps.
Zu 2)
Kann schon sein, dass sich das Verhalten der Bones ein wenig geändert hat, ich hab das noch nicht getestet.
Es spielt aber eigentlich keine große Rolle, weil man im Setupraum das Skelett nur in groben Zügen festlegt (also Anzahl der Bones, ihre Namen, ihre ungefähre Position und welcher Bone wo dranhängt). Alles andere, auch die exakte Positionierung und Ausrichtung, macht man mit dem Joint Editor (siehe Punkt 1). Da kannst du bei Center sogar die Position der Anfangs- und Endpunkte für jeden Bone auf mehrere Kommastellen genau eingeben, falls dir die Positionierung mit der Maus zu ungenau ist.