Also nochmal ein bisschen genauer:
Zuerst: Wenn Du Metabälle erzeugst, achte darauf, nicht versehentlich Kugeln zu erzeugen, sondern mit dem schnörkeligen Werkzeug daneben arbeitest- ist mir auch schon passiert. Sehen ja auch zuerst eigentlich genauso aus, machen aber in diesem Zusammenhang nicht das, was man erwartet.
Ein Metaball funktionert ja ganz anders und ist ja eine Art Kraftfeld, das ab einem gewissen Schwellwert sichtbar wird. Kommen sich zwei positive Metabälle nahe, addieren sich die allein zu schwachen Kraftfelder dazwischen, wodurch die zwei Metabälle durch die jetzt sichbar gewordene Kraftfelbrücke zu verschmelzen scheinen.
Wenn Du einen Metaball erzeugst, siehst Du, daß der Rote Kasten, die Bounding Box darum herum, größer ist als der Ball, der sichtbar ist. Dies ist der Einflußbereich des Kraftfeldes. nur ist es zum Rand hin zu schwach, um allein den Schwellwert zum Sichtbarwerden zu erreichen.
Fange doch einfach mit einem normalen Metaball an. Mache ihn ein wenig flacher und in x- und z-Richtung breiter, wie einen Diskus. Halte dabei die Alt-Taste fest, dann bleibt das Zentrum am Ursprung.
Dann erzeugst Du einen weiteren, hältst vor der Erzeugung aber die Shift-Taste fest und lässt sie erst wieder los, wenn der 2. erzeugt ist. Durch die Shift-Taste wird er negativ. Du hast jetzt sofort einen Donut, weil das negative Kraftfeld in der Mitte das positive abschwächt bzw. aufhebt.! Verschiebe diesen neuen, gegativen Ball auch ein wenig zur Seite, so das eine Überschneidung mit dem positiven Metaball verbleibt, und Du wirst verstehen, wie es funktioniert. Um die Übersicht zu behalten, empfehle ich dem Ball einen Namen wie "negativ" zu gebe, ansonsten kann man sie im Editor später nämlich nicht mehr unterscheiden.
Durch gezielte Positionierung postiver und negativer Balls kann man jetzt schöne Formen erarbeiten.
Jetzt muss es aber gehen. Falls nicht, sag mal an welcher Stelle etwas nicht geht. 
Viele Grüße
Carsten